随着化肥的增加，土壤结构遭到损坏，土壤环境受到污染，土壤养分逐步失衡，问题越来越严重。尤其是对土壤氮、磷、钾三元素的影响更为杰出。一般主张运用土壤分析仪进行土壤微量元素检测，以获得土壤中各种养分的含量参数，为施肥提供科学有力的依据。
土壤分析仪检测结果表明，过量运用化肥导致很多铵、钾与土壤胶体吸附的钙、镁等阳离子产生反应，损坏土壤结构，导致土壤板结，土壤有机质减少。化肥无法弥补有机质的缺乏，进一步影响土壤微生物的生长，不只损坏了土壤肥力结构，还降低了肥效。
土壤分析仪检测矿物原料和化肥用化学原料含有多种重金属元素、放射性物质等有害成分，随着施肥进入农田土壤构成污染。近年来，土壤污染日益严重，影响了农产品的养分价值、耐贮性和抗逆性，从而影响了人类健康。
土壤分析仪测定长期运用氮、磷、钾后的土壤养分，发现养分对土壤结构产生了一定的损坏力，导致土壤养分失衡，养分流失，污染加重。根据不同作物和土壤类型，平衡科学配方施肥，结合运用和养分，大力生产、供给、施用一体化的农化服务，从根本上改善土壤结构，培肥土壤，提高化肥和有机肥的吸收利用率，保持土壤肥力的长期利用。这不只能够节约生产成本，提高作物产值，提高产品质量，还能够维护农业生态环境，从而提高农产品质量，增加农产品数量，实现高产、稳产。
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