化肥的过量以及不合理运用会形成土壤物理性质的恶化，进而形成土壤肥力下降，土壤板结，还可使食品、饲料和饮用水中有毒成分增加，对人畜健康形成潜在危害。
要避免过量施肥，因为过量施肥容易形成土壤污染，土壤酸碱化及板结化严峻。重金属是土壤污染的物质之一，很多运用化肥会使得重金属进入土壤后不能完全降解，一部分残留在土壤或作物中，经过食物链不断在生物体内富集，在人体内堆集，威胁人体健康安全。此外施肥时应留意施肥的次数，若施肥次数过多很容易直接形成过量施肥。
还应留意施肥的时间，不同的作物在不同的生长阶段需要的营养含量不同，所以在进行施肥工作前，需要对土壤有一定的了解，然后依据作物的实际需要合理的施用化肥，这样既能减少施肥成本，还能维持土壤营养平衡，完成优良出产。
土壤自身缺乏的元素可以经过施肥来达到作物需求的水平，关于土壤中含有适合的养分，适当弥补作物吸收带走的养分，关于土壤储量丰富的养分，暂不进行施肥，经过科学的施肥管理，提高利用率，确保土壤各营养元素均衡合理，培养健康肥沃的耕地。
