化学肥料在农业生产过程中得到广泛应用，很大程度促进了农作物产量的提升，但是化肥使用的危害也逐渐凸显出来，比如肥料滥用、污染土壤等问题。而利用土壤分析仪能够指导施肥作业合理化、科学化，解决一些化肥使用所导致的问题。
土壤分析仪可以快速测量当前土壤环境的实际情况，判断缺失的营养元素。然后根据种植作物的生长特点，给出科学合理的施肥指导方案，种植者可以根据检测到的数据和配方施肥方案进行施肥工作，使施肥操作更加合理有效，提高肥料利用率，降低生产成本，保护土壤环境。
只有合理的施用肥料才能促进农作物的正常生长，而科学施肥，能在满足作物所需养分的同时，减少造成土壤酸化、板结化等的因素，起到保护土壤的作用。现在有机农业中大多施加有机肥，不允许化肥的施加。
随着越来越多的农业生产基地引进土壤分析仪，补充作物生长所需的营养元素，逐步使土壤肥力提升，改善土壤的理化性质，为我国大力发展绿色化农业打下良好的基础。
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